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| AlbumTitle | Subtitle | Works | Performers | Record Label | Catalog No |
| Francisco Guerrero | Sacrae Cantiones - Motecta 4, 5, 6, 8 & 12 vocum | 1. Ave Maria (a 4); 2. Alma Redemptoris mater (a 4); 3. Beata Dei genitrix, Maria (a 6); 4. Pater Noster (a 8); 5. O Domine Jesu Christe I (instrumental a 4); 6. O Domine Jesu Christe II (a 4); 7. O sacrum convivium (a 5); 8. Laudate Dominum de caelis (a 8); 9. Gabriel archangelus (a 4); 10. Ave, virgo sanctissima (a 5); 11. Salve Regina (a 4); 12. Regina caeli (a 8); 13. O Altitudo divitiarum (instrumental a 8); 14. Trahe me post te, Virgo Maria (a 5); 15. Duo Seraphim (a 12); 16. Ave Maria (a 8). | La Capella Reial de Catalunya, Hespèrion XX dir. Jordi Savall | Astrée Naïve | ES 9953 |
| Francisco Guerrero | Missa Congratulamini mihi, Motets | Missa Congratulamini mihi: 1. Kyrie; 2. Gloria; 3. Credo; 4. Sanctus; 5. Benedictus; 6. Agnus Dei; 7. Congratulamini mihi (Crecquillon); 8. Dum esset rex; 9. Maria Magdelena et altera Maria; 10. Post dies octo; 11. Regina caeli a 4; 12. Ave Maria; 13. Regina caeli a 8 | The Cardinall's Musick dir. Andrew Carwood | Hyperion | CDA67836 |
| Francisco Guerrero | Missa Super flumina Babylonis | 1. Ave virgo sanctissima (5 vv); 2. Regina caeli (8 vv); 3. Si el mirar (instr.); 4. Missa Super flumina Babylonis (5 vv): Kyrie & Gloria; 5. Aleluya: In exitu Israel; 6. Missa Super flumina Babylonis (5 vv): Credo; 7. Ofrenda: Super flumina Babylonis; 8. Missa Super flumina Babylonis (5 vv): Sanctus & Benedictus; 9. Missa Super flumina Babylonis (5 vv): Agnus Dei; 10. Celsi confessoris; 11. Ut queant laxis; 12. In exitu Israel (4 vv); 13. Adi—s mi amor (instr.); 14. Conditor alme siderum | Ensemble Plus Ultra dir. Michael Noone, His Majestys Sagbutts and Cornetts, Schola Antiqua | Glossa | GCD 922005 |
| Francisco Guerrero | Missa de la batalla escoutez | 1. Pange lingua; Missa de la batalla escoutez: 2. Kyrie; 3. Gloria; 4. Credo; 4. Sanctus; 6. Benedictus; 7. Agnus Dei; 8. In exitu Israel; 9. Duo Seraphim; 10. Regina caeli laetere; 11. Magnificat Octavi toni; 12. Conditor alme siderum | The Choir of Westminster Cathedral, His Majesty's Sagbutts and Cornetts dir. James O'Donnell | Hyperion | CDA67075 |
| Francisco Guerrero | Missa Surge propera | Missa Surge propera: 1. Kyrie; 2. Gloria; 3. Credo; 4. Sanctus & Benedictus; 5. Agnus Dei; 6. Usquequo, Domine; 7. Ave Maria; 8. Hei mihi, Domine; 9. Surge propera; 10. Beata Dei genitrix; 11. Ave virgo sanctissima; 12. Regina caeli laetare | The Tallis Scholars dir. Peter Philips | Gimell | CDGIM040 |
| Treasures of the Spanish Renaissance | 1. Surge propera amica mea (Francisco Guerrero); 2. O altitudo divitiarum (Francisco Guerrero); 3. O domine Jesu Christe (Francisco Guerrero); 4. O sacrum convivium (Francisco Guerrero); 5. Ave virgo sanctissime (Francisco Guerrero); 6. Regina caeli à 8 (Francisco Guerrero); 7. Versa est in luctum (Alonso Lobo); 8. Ave Maria (Alonso Lobo); 9. O quam suavis est, Domine (Alonso Lobo); 10. Magnificat (Sebastián de Vivanco) | The Choir of Westminster Cathedral dir. David Hill | Helios | CDH55430 | |
| Passion & Resurrection | Music inspired by Holy Week | 1. Woefully arrayed (William Cornysh); 2. Hosanna to the Son of David (Orlando Gibbons); 3. O sacrum convivium (Thomas Tallis); 4. In monte Oliveti, motet for 6 voices, M. vi (S. xi/187) (Orlando de Lassus); 5. O crux, ave, spes unica (Cristóbal de Morales); 6. O vos omnes, qui transitis per viam (Tomás Luis de Victoria); 7. Woefully arrayed (John McCabe); 8. Dum transisset Sabbatum I (John Taverner); 9. Maria Magdalene (Francisco Guerrero); 10. Liber primus sacrarum cantionum: In resurrectione tua (William Byrd); 11. Surrexit pastor bonus (Jean Lhéritier); 12. I am the resurrection (Orlando Gibbons); 13. Congratulamini mihi (Thomas Crecquillon) | Stile Antico | Harmonia Mundi | HMU 807555 |
| Los Ministriles | Spanish Renaissance Wind Music | 1. La guerra (Mateo Flecha); 2. Calata ala spagnola (Joan Ambrosio Dalza); 3. Fantasia del cuarto tono (Luis de Narváez); 4. Chacona ytaliana "Sencilla pastora" (Anon.); 5. Una sarao de la chacona (Juan Arañés); 6. Espagnoletta (Anon.); 7. Gayta (Anon.); 8. Adorámoste, Señor (Francesco de la Torre); 9. ¡Si abrá en este baldres! (Juan del Encina); 10. Motet (untitled) (Francisco [Ren] Guerrero); 11. Crux fidelis (John, King of Portugal); 12. Panis Angelicus (Frei Manuel Cardoso); 13. Puesque me tienes, Miguel (Francisco Ortega); 14. De la piel de sus ovejas (Pedro Rimonte); 15. Parce mihi (Manuel De Tavares); 16. Alli in Midbar (Anon.); 17. Canario (Anon.); 18. Sospiros, pues que descansa (Alfonso de Mondéjar); 19. Tres libros de musica en cifras: Recuerde el alma dormida (Alonso de Mudarra); 20. Huyd, huyd, o çiegos amadores (Francisco [Ren] Guerrero); 21. Propinan de melyor (Anon.); 22. ¡Ay Jhesús, qué mal frayle! (Anon.); 23. Ojos claros y serenos (Francisco [Ren] Guerrero); 24. ¡Yntolerable rrayo! (Anon.); 25. Pois con tanta graça (Gaspar Fernandes); 26. El Villano (Anon.); 27. Paradetas (Anon.); 28. Baile a finale (Anon.) | Piffaro | Archiv Produktion | 474 232-2 |